DNA: Markov-modell

2015-10-10


"This work proposes a markovian memoryless model for the DNA that simplifies enormously the complexity of it. We encode nucleotide sequences into symbolic sequences, called words, from which we establish meaningful length of words and group of words that share symbolic similarities. Interpreting a node to represent a group of similar words and edges to represent their functional connectivity allows us to construct a network of the grammatical rules governing the appearance of group of words in the DNA. Our model allows to predict the transition between group of words in the DNA with unprecedented accuracy, and to easily calculate many informational quantities to better characterize the DNA. In addition, we reduce the DNA of known bacteria to a network of only tens of nodes, show how our model can be used to detect similar (or dissimilar) genes in different organisms, and which sequences of symbols are responsible for the most of the information content of the DNA. Therefore, the DNA can indeed be treated as a language, a markovian language, where a ”word” is an element of a group, and its grammar represents the rules behind the probability of transitions between any two groups."

Markovian language model of the DNA and its information content
S. Srivastava 1 and M. S. Baptista 1
1 Institute for Complex Systems and Mathematical Biology, SUPA, University of Aberdeen, Aberdeen, AB24 3UE, United Kingdom

Tidigare relaterat DNA och RNA som språk (och/eller SP-nätverk):


Minnesanteckningarna: "Extra" DNA information (Juni 2010) (2012-03-29)

Musik i en generell modell för språket (2010-06-23)

Ny modell för Evolutionen (2010-06-24)

Minnesanteckning - Lateralt tänkande: Evolutionen, virus och "kulturellt avstånd" (2010-06-28)

Information och Energi: Arv och organisation av våra ärvda tillstånd (2013-12-09)

Genetisk kod bär information (för kontextuell realisering i cellerna) via tidigare okänd princip (2013-12-15)

Finns personlighet att hitta i mängden fonem?

Jag upplever det bortom all rimlig tid att försöka kommentera det här:


"We study rank-frequency relations for phonemes in texts written by different authors. We show that they can be described by generating phonemes via random probabilities governed by the (one-parameter) Dirichlet density, the simplest density for random probabilities. This description allows us to demonstrate that the rank-frequency relations for phonemes of a text do depend on the author.

The author-dependency effect is not caused by common words used in different texts.

This suggests that it is directly related to phonemes or/and syllables. These features contrast to rank-frequency relations for words, which are both author and text independent and are governed by the Zipf’s law."

Från: Rank-frequency relations of phonemes uncover an author-dependency of their usage, Weibing Deng 1) and Armen E. Allahverdyan 2),∗1) Murray Gell-Mann Institute of Complexity Science, Central China Normal University, Wuhan 430079, China 2) Yerevan Physics Institute, Alikhanian Brothers Street 2, Yerevan 375036, Armenia, via Arxiv.

Men för att alls säga något hade man behöft börja med att betrakta vilka graf-liknande strukturer ej helt i form relevant annorlunda från språk som faktiskt uppvisar "Zipf:iska" egenskaper. Det är absolut inte undantaget att vi ser det i allt från språk till diverse sett i rymden och till kemiska egenskaper. Det är vanligt. Självklart är det emellertid också beroende av hur man väljer att representera - kanske "normalisera" - data (för en komplettering i domän av entropi: Calculating entropy at different scales among diverse communication systems men den som söker för att finna en mängd exempel mer direkt i Zipf's världens statistiska egenskaper bör lätt hitta dem i stort antal i det mesta utanför språk).


Vidare kan vi så klart se ett koncept representerat av ett ord som sista gemensamma representationen konvergens i förståelse kan gå till. Medan vägen dit kanske är mer naturligt varierad med den särskilda situationen inklusive olika enskilda personers beskrivning av den.


Slutligen vill jag säga att jag särskiljer författare via rankfrekvens (bättre kombinationer av alternativ finns). Frågan är naturligtvis där vad man exakt menar med rankfrekvens. Skriver man ej mer än rankfrekvens inkluderar man bra mycket avsett oavsett om nu ev. Zipf:iansk-natur avses eller inte. Framför allt kanske hur många dimensioner rankfrekvensen har... Och om den räknas alltid med 1 eller om viktsystem används.


Dock även om vi avser rankfrekvens som normalt skapad när Zipf diskuteras behöver det absolut inte vara svårt att se författar-specifika egenskaper via bara förekomsten på orden. Jag föreslår dock gärna att man kan binda vissa egenskaper hörande till väldigt stora människo-gemensamma egenskaper i personlighet går att få från likartat enkla samband och är en naturlig del av att klara att göra föregående: Bl.a. för två triviala egenskaper benägheten till att använda genomsnittlig ordlängd högre än genomsnitt resp. benägenhet att skriva meningar längre i antal ord och/eller antal tecken (och självklart är kanske ev. när så kanske är fallet skillnaden mellan antal ord och antal tecken vad jag inte kan utesluta har samband med resultaten man såg i länkad artikel även om jag inte vet säkert att så är fallet).


Hur som helst ett mycket passande ämne att studera för kinesiska vetenskapare. Med våra teckensystem känner jag ibland att vi är lite för nära ljuden för att inte bli hemma-blinda.

Mellanöstern: Ett säkerhetspolitiskt auktoritärt EU med understöd av Europas glada folks kärlek till allt kul är kanske mer värt än att ha en insparad bankkris på bankboken

2015-10-08

Efter EU: Israel - Palestina följer en diskussion anknytande (eller tydliggörande via ett annat form av språk i mellan-steg tills det kanske blir av längre fram att konkretisera det tillsammans med övrigt i Riktad information - Tills dess finns ju en hel del material i domännen av komik vilket även om det kanske inte är den binära motsatsen här i alla fall är konceptuellt besläktat) till Ridicule. D.v.s. problematiken vi får när en väldigt tråkig entitet likt ISIS ej uppfattas korrekt som så tråkig man är (det tycks krävas en del "ärvt" vetande i gemensam kultur för riktigt ha det inarbetat tidigt i livet hur tråkiga sådana här entiteter kan vara: Det är väl något jag är rädd för att vi kan tappa bland barnen i Sverige idag när distansen till äldre generationerns arbetade förståelse av hur förbannat tråkig religion kan vara från när kyrka och skola måttes så mycket mer än när jag var barn och då mycket mer än idag faktiskt fortfarande).


Riktigt urtråkig kultur ISIS som mer finns att läsa om i sist: Och så avslutar vi med att berätta varför Marocko är så "över-motiverade" i Sverige just nu (För att bespara den ointresserade något i så fall ganska tråkigt att läsa i övrigt - lite om det urtråkiga ISIS förutom ganska tråkiga Marockot - hindrande som jag tycker man ska kunna kräva en kul dag vardag: Det är inte kul alls att bo i Marocko - Det är så tråkigt att få budget till en månads "kris-hanterande" av Sverige klarar att passera som himmelrike).


EU: Israel - Palestina

Vilket årtionde befinner man sig om man ser tillochmed än att en förfarare vem som helst helt är borta ur fördonet utan dessutom fullständigt missat att det står urbrunnet i diket?


"Some experts argue that Sweden was losing political leverage with these moves rather than gaining it. 'Sweden has definitely taken a back seat in the Israel-Palestine conflict since now one of the parties — Israel — won't listen to it,' said Per Jönsson, a Middle East expert at the Swedish Institute of International Affairs."

Från: Sweden’s subtly radical ‘feminist’ foreign policy is causing a stir (2015-10-07) | Washington Post


Jag ser inte världen alls han pratar om? Vilka är dom här andra länderna och vad gjorde Sverige innan med någon mätbar påverkan i den vanliga världen vi andra lever i? Två år tidigast och fodrar säger jag mindre Sverige, UK eller för den delen Tyskland och mer av ett gemnsam mycket auktoritärt språk för vilka relationer man alls önskar med resp. part formad av hur vi i EU ser man på vår omedelbara omvärlds moral och respekt av människovärde där såväl som nu mycket konkretiserat tydligt den europeiska säkerheten. Resp. entitet GEO-lokala som petar runt där från Palestina och Israel uppenbara "engagemang" till samtliga övriga (kanske med något undantag? Är kanske kurderna inte likt övriga av och till och kastar bensin på det hela? Verkar underligt i så fall? Får dom kanske inte vara med någon av dom andra och göra sig roliga över Palestinas och Israels "särskilda benägenheter" att börja slåss till glädje för publiken får vi anta så fort någon lurat i dom något, givit dem något att använda eller vad helst).


EU orkande en sådan roll tar dock resp. part in i förhandling. Relativa värdet i såväl positiv som negativ riktning skiljer sig förvisso i natur för resp. Israel och Palestina men är ej annat än betydande för resp. För Palestina vad i trovärdighet för stabilitet i hur uppfattad såväl som cementerande sig som struktur där inget stöd från entiteter i Mellanöstern riktigt någonsin kan ge dem det i övriga världen.


Israel oavsett hur imponerande framgångsrik ekonomisk (där en myt i Sverige tycks vara som jag sett i reportage, krönikor, insändare m.m. i tidningarna att Israel lever på amerikanska bidrag: Israel tror jag fortfarande liksom många länder får riktade försvarsbidrag där formen kan vara lite olika mellan länder ex. rabatter på vapen men det har som ganska lite att göra med ekonomin i övrigt och särskilt så för Israel som lägger betydande skatteintäkter på försvaret utanför bidragen d.v.s. flyttande värde personer direkt engagerade försvaret resp. via skatteuppbord om arbetande till försvaret). Israel har klarat att bygga upp flera mycket kompetenta företag i även tekniskt avancerade områden. De har också i delområden hög höjd på inhemsk forskning.


EU är emellertid EU: Världens i särklass största ekonomiska entitet. EU köper och säljer vem som helst i världen. Om de någonstans kan komma överrens om det.


Jag tror det hyggligt troligt att vi kan komma se EU utvecklas till att ställa mycket högre krav på sitt eget utrikespolitiska samarbete därför att närområdet är instabilt och en växande fara för Europas innevånare. Israel - Palestina konflikter förgiftar sitt närområde område: Sådana är naturen i konflikter och ju längre i tiden desto mer spridande tenderar de att bli i så mycket mer än "endast" väpnad strid. En utmärk källa att se över forskningen här är den omfattande finansiering flera amerikanska myndigheter delvis oberoende av varandra gjort av forskning såväl som bedrivet ett flertal färdiga projekt men startande upp fortsatt nya relaterade bl.a. (men ej begränsat relevant här: En del annat är antagligen vad jag kan ha diskuterat förr genom åren) problematiken för samhället av vad vi en mindre exakt definierad term kan kalla PTSD bland soldaterna återvändande hem från tid i Afganistan och Irak som två exempel (och att man faktiskt kan lära en del om människans inlärning och hantering av minnen exempelvis via resultaten publicerade för kanske 5 - 7 år sedan rörande den förstärkande effekten den gamla TBC-medicinen cykloserin hade på effekten av simulatorbaserad PTSD terapi för just soldater - Förstärkande själva "inlärnings-feedbacken" förändrande just problematiska minnes-strukturen givetvis eftersom det är vad minnen utanför den omedelbara tid representeras i form av).


Det är inte funktionellt särskilt många år mer att EU inte är betydligt mer benäget såväl österut ut, ner i Asien, särskilt i Mellanöstern, såväl som Nordafrika benäget använder den enorma kraft man har som världen gigantiska ekonomi. Vi har verkligen råd. Och oavsett absoluta kostnaden är nu realitet för hur Europa fungerat sista 20 åren i alla fall att de i relativ-mening är tämligen obefintliga jämfört med dom kostnader vi regelbundet tar för sådant som ekonomisk-miss-management bland banker, länder m.m. Och riskerna för liv såväl som systematiska ekonomiska kostnader andra former av försvarslösningar ska ej underskattas.


Men detta i sig tycker jag inte ska begränsa EU eller Sverige rörande en del former av samarbete. Eller vad vi nödvändigtvis behöver se som begränsande oss i övrigt. Jag tror som inte alls på någon särskild roll för Sverige eller något enskilt annat land i EU skapande en faktisk mätbar effekt. Ingen av entiteterna bryr sig egentligen ens idag om "hur man framställs" om vi jämför med säg 8 - 12 år sedan. Så tills man kan få upp till en tydlighet som är funktionell finns knappast något positivt värde att hämta medan kontakter med såväl Palestina som Israel i sig troligen har en svag men ändå reell positiv inverkan. Handel såväl som besök. Särskilt om det irriterar någon av resp. part är det på en lagom nivå - ej helt överdrivet - kanske när annat samarbete och kontakt man befinner trevligare i ett lugnare grundvärde (ex. handel och forskning) är viss inspiration till systematisk riktning mot konstruktivt tänkande bland folk i allmänhet.


Och så avslutar vi med att berätta varför Marocko är så "över-motiverade" i Sverige just nu

Orsaken är att de bor i en öken. Förutom öken är det ett land med en väldigt tråkigt politiskt ledarskap, tråkiga dåligt fungerande myndigheter och gemensamma värden, jätte tråkig ekonomi som gör allt kring att handla m.m. väldigt urtråkigt för alla som bor där.


Och det är jättetråkigt för dem varje gång de drabbas av onödigt våld, brott av alla de slag och en mängd jämförbara problem länder med sundare politiska strukturen och en stabil basekonomi har på en helt annan så mycket lugnare nivå oftast för de flesta inte störande möjligheterna att ha det roligt istället för riskabelt ofta en tråkig dag.


Dessutom kan det vara plågsamt hett. Men ändå iskallt på nätterna.


Förutom inhemska problem kommer ibland mycket välorganiserade beväpnade organisationer in i landet. Det kan handla om the black market "handelslinjerna" som går från dom östra delarna av Afrika en bit nedåt, in i Nordafrika, och ofta vidare österut (förutom vad som går mer rakt upp till Nordafrika för vidare transport in i Europa, och förutom (och föregående också inkluderar givetvis förutom en hel del andra varför också droger bl.a. från Sydamerika och därifrån förutom mer uppenbara kokainet vars källa odlas där också inkluderar heroin trots primärodling i Asien: De GEO-säkerhets-relaterade orsakerna till att det går den här vägen är mig okända men lite spekulativt kanske en problematiskt väg har etablerats till Sydamerika för att utnyttja deras vidare vägar in i USA som effektivare och att man där insett att den därifrån enklaste vägen till USA går via Afrika där inträdet dit helt saknar säkerhet).


Så varför skulle inte Marockos vanliga myndihgets-arbetare och politiska-daglönare vara ordentligt motiverade att göra klart för dom som bestämmer om man ska hantera problemet Sverige (eller vad aktuellt nästa gång) att det hela är gigantiskt viktigt med dessutom riktigt stora möjligheter att förändra bara man investerar tid och pengar på en månads semester (förutom av och till några timmar viftande lite på gatan så att bevisande pressbilder tas så att det framgår hemma att det inte bara var festande).


Verkligen så här är det i en tråkigt stor andel av länderna i Nordafrika såväl som Mellanöstern. Jag är ännu mer baffled av hur verklighetsfrånvarande män såväl som unga kvinnor som knappt om alls besökt regionen innan är som bara får för sig att resa in i Syrien. Mer än bara normalt tråkigt för den nedre 1/4 delen av länderna i dessa områden är ju Syrien det värsta tänkbara - Kanske världens sämsta land att vara i nu och inte otroligt många år ännu.


Dom kommer inte få en kul tid där. Tvärtom lär det bli urtråkigt.


Ett problem med hur ISIS uppfattats är kanske att det våldsamma uttrycket stör ut perceptionen av den i övrigt dominerande sidan av vad dom är:


  • En riktigt urtråkig religiös organisation som har större likhet - förutom mer bokstavstrogna faktiskt - bland de av sufismens munkar som valt att välja den mer koncentrerade vägen till upplysning krävande att man reducerar bort mycket av vad som annars kan störande koncentrationen: D.v.s. bosättande sig i ensliga hus ute i öknen med någon enstaka jordbruks-samhälle (bonn-by...) i närheten. 5 eller kanske 10 - 15 st tillsammans spenderande dagen med religionen.
  • Rikttigt urtråkiga personer.

Jag vet ty jag har mina coola sidor. Öppen för de häftiga upplevelserna i livet villig att ge mig in i våghälsiga exkursioner som kan vara många år. Ett fint exempel (mitt bästa faktiskt) är de nu snart tio åriga sökande efter de dom kvinnliga häxorna - en del av mitt firande av feminismen och alla världens religioner - och när jag hittar dem bromsar jag inte inför någon hednisk rit som kan fodras av mig. Ty jag är uppen för kul kultur som ger nya intressanta perspektiv på världen:



Att spendera 4 - 5 timmar per dag för att läsa Koranen årr efter år, sitta och lyssna på ett fåtal roternade personer som sitter och förklarar dom för dig vecka ut och vecka in, år efter år, dom som ej strider men del av management - och får vi anta det normala i förlängningen om konflikt-komponenten går ner med större annan tid fri att allokera soldaterna för också dom.


Ställ det i relation till dessa sexuella hedniska riter jag säkert tror bra många unga kvinor i det "dekadenta" Sverige spenderar sin fritid med. Hur mycket mer kommer belöningen jag får när jag efter säg tio år väl hittar deras offerplats jämfört med om jag suttit och lärt mig inte bara koranen utantill utan också den föreläsningen person X, person Y, ..., person N-32 håller varje gång de pratar om X(i) ett par gånger om året.


Riktigt tråkig kultur, med riktigt tråkiga personer. Antagligen attraherande i den mån någon förståelse av vad man reser in i lika tråkiga kvinnor och män. Tänk dig att leva med någon tråkig på nivåer att det antagligen kommer med en särskild anti-humor-genetisk-pre-disposition man absolut inte om vän till världen vill medverka till att sprida.

ISIS från Twitter till Telegram: Men följer inte mångas lösenord med i flytten?

2015-10-07

Det är nog inte vad som ger utbetalning om så för:


"Telegram is so confident of its security that it twice offered a $300,000 reward to the first person who could crack its encryption.
But it is the app's new public broadcast function that jihadists have been quick to latch on to and it is not just IS that has started exploiting it."

Från: IS exploits Telegram mobile app to spread propaganda (2015-10-07) | BBC News

Hela domänen av lösenord och användarnamn här är tänker jag ett fruktfullt område för bredd tjänste-scanning över i princip alla tillgängliga tjänster som de kan tänkas använda återanvända vad som kan ha tagits upp i enskilda tjänster ex. via sista halv-året kanske mycket diskuterade defekter i SSL (som jag tror vi diskuterade en del kring för ett par år sedan om än inte täckande upp allt aktuellt i år rörande SSL men en del potentiella problem vi sett det nu i det detalj-lösa mer konceptuella).


Ny teknik och nytt på nätet lär man sig i kyrkan

Personligen mindre politiskt eller mänskligt engagerat rent allmänt känns det lite speciellt att en utanför dess osmakliga uttryck i våld riktigt tråkig religiös organisation är vad man får höra om någon ny teknik, tjänst och kanske ansedd "next cool internet stuff" som kanske blir av att pröva om man någonsin hinner arbete sig fram en fem år fram till idag. Jag är väl lite kvar fortfarande när Flickr kändes nytt förmånga och därmed som så mycket annat tydliggjordes mer via den kontrasten


Väldigt tråkiga när inte bara problematiskt våldsamma.


Och av det lär jag mig att se upp med att surfa Svenska Kyrkan, Pingstkyrkan o.s.v. så man inte får en mer medtryck självbild om ens närhet i vardags innovations nu.


Hamnar man där är det kanske bara 5 år kvar innan man tillsammans med pensionärerna går i söndagsskola för att lära sig skicka religiösa böner till vänner via satelliter på rätt sätt närmare guden eller gudinnan (eller två-könat beroende på vad det kan tänkas vara för kyrka: Jag söker som fortfarande efter dom är vildare riterna häxorna ska ha ute i skogen trots år utan att träffat på dem oavsett Blodmåne eller lägre offer-högtid - Det är nog mycket roligare att lära sig använda Telegram av dem än ISIS).


Vilken kontrast mellan en grupp unga kvinnliga studentskor som blivit intresserade av dom gamla religionerna med all den överdrivet oanvända tid dom har på humanistiska utbildningar skapande en massa annat i livet under studie åren - postande bilder från någon form av hednisk ritual till skogsandarna eller Gudinnan i skogen vs en religiös-tros-sekt: Inte bara en av öken-religionerna (i deras grund för alla tre dom tråkigaste) utan en som i princip försökt tagit det hela från hur man tänker sig att det kan ha varit för tusen år sedan bland de som öken-folken när de efter en hård dag i solen sökande vatten och mat samlades för att repetera religionen tills det var dags att somna. Jag har ingen svårighet tycker jag att se ett alternativ som det självklara för oss män även om det alternativet uppenbart tycks attrahera i huvudsak kvinnor av mindre självklara orsaker.


Guden och Gudinnan, Ra och Apep / Appolon och Gudinnan, Solar / Lunar. De forna egypterna i så mycket trots den bördiga jorden längs Nilen ett ökenfolk tyckte det viktigt att sätta stor religiös-nit i en mängd riter för att "hjälpa Ra" dräpa Gudinnan. Precis som de andra ökenfolken. Men jag är verkligen mer inne på att det i vår tid av innovation och kunnande (som preventivmedel och åtminstone i Sverige föga självklar katastrof om en kvinna får barn som ogift eller för den delen riskerar livet än mer redan under graviditet utan utökat försörjningsstöd åtminstone bland dessa ökenfolk) att man inte behöver vara nitiskt i sådant man inte kan se någon konkret orsak med relevans idag: Det är nog normalt bara gammalt skrock eller samhälls-reglerande funktioner vi idag saknar behov av som överlevt kulturellt.

Så träffar jag någonsin på en tillräckligt trolig grupp kvinnor i skogen för att jag ska våga ta dem för en hednisk-sekt görande vad man lärt från populärkulturen gör i skogen så lär jag göra det mänskligt mest sunda såväl som mer manliga (jämfört med att på knä stirra med längtan upp på en naken man på ett kors) och prövar att klä av mig: Kanske presenterande mig med lämpligt kulturellt-epitet beroende på vilken sekt de hör till. Kanske "Skogshanden X boende under vattnet borta i träsket" eller vad som verkar religiöst korrekt. Jag bangar ingenting här som kan vara aktuellt från att de alla förgriper sig på mig sexuellt till att offra en biskop eller några koranska krigare. Man tar seden dit man kommer.

Men som sagt: Fortfarande efter bra många år eftersökande dom här kvinnliga paganisterna har jag ännu att hitta någon av dem. Men jag lär knappast flytta ut i ISIS-öknen (eller vilken öken som helst) eller lägga in mig på kloster för det: Bara dumt att göra världen ännu sämre för en.


Relaterat

Rekommenderad bok att lära sig hieroglyfer hjälpligt från: Semesterprojekt: Matlagning, Ukulele, Hieroglyfer och Swahili (2012-06-30). Vi har nog en del skrift uttryck med bild på de två objekt jag har: Mitt Afrika i bild.


Andra exempel finns i Riktad information - Navigation: Förstärkt i spatiell organisation (2013-12-03) (ej mina objekt).

Viktigt att Sverige vårdar sin roll som moraliskt föredöme

Och här kan vi alla hjälpa till. Möjligheter går att hitta var helst i vardagen. Utilisierande radering av kakorna Blogger sätter i webbläsaren kunde jag exempelvis i:



Adderande på korrigerande Made in Sweden röster så att det inte riskerar att föra en problematiskt kultur från normal ålder på läsarna här vidare neråt om ev. ungdomar råkar komma in på inlägget. Jag kan ha röstat tre gånger på Sverige: Så mycket mer svensk är jag jämfört med det förväntat normala 1 st.


För att inte tala om den tänkbara nationella pinsamheten om titel råkar attrahera en italiensk läsare som med mycket möda sätter sig med ordboken och försöker få någon klarhet i vad man egentligen skrivit om deras pasta.


Det är ju dessutom en fin möjlighet för vår export-sektor att man försöker fånga upp nyfikna från Italien och andra länder hit istället för mer bortkastat Brussel, Paris, London och vad med vi hade som alternativ.


Verkligen att jag kan se mycket värde ändå i att blev så här. Det gör ju möjlighet att förklara vad som är rätt svar i sådant här.