Visar inlägg med etikett Evolution. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett Evolution. Visa alla inlägg

"Junk-RNA" demonstrerat kritiskt

2014-01-24

Det var något år sedan jag hade i alla fall delar min vetskap kring vår genetiska information refresh. Är det vad man mer sällan följer eller läser betyder det en del. Men jag tror nog det är samma fenomen diskuterat nedan kring ny studie jag diskuterade i Minnesanteckning - Lateralt tänkande: Evolutionen, virus och "kulturellt avstånd" (senare datumet 2010-06-28 indikerat och egentligen bättre diskussion finns men denna hittade Google varande en av de första) (även relaterat Ny modell för Evolutionen (2010-06-24)) och menade var meningsfull information snarare än mer än endast redundans "junk" kanske rent av som en del sett som möjligt en anriktning av skräp i ett begränsat utrymme med tiden farligt orsakande sjukdomar m.m.


"Now, Rinn and his Harvard Stem Cell Institute colleagues, including neurobiologist Paola Arlotta, have carried out an elegant and important experiment in which they have demonstrated that much of what had been dismissed in fact plays as vital a role as protein-coding genes.

Rinn and his colleagues have generated 18 strains of mutant mice, removing from each a different piece of “junk” genome, or so-called long intergenic noncoding RNAs (lincRNAs). If the lincRNA truly had been “junk,” nothing should have happened.

What the researchers found was the opposite. Obvious defects were observed in seven of the 18 mutant strains."

Citerat: Från: ‘Junk?’ Not so fast - Harvard scientists show that much lincRNA, which was believed useless, plays role in genome ()| Harvard Gazette

Mer allmänt rörande diskussion om balans mellan överlevande p.g.a. bättre sjukvård och behandling kontra ökad mängd genetiska problem menar jag att det inte just kommer vara ett mätbart problem. Vår ovanför själva de genetiska mekanismerna inom-kroppen via kognition och samarbete utvecklar sig snabbare än vi tenderar att fortplanta oss över genrationer och än mindre att från det börja se problem. Vi löser även uteslutande andra sjukdomar mer hälsoproblem här än som rimligt kan orsakas över all framtid vi kan förvänta oss.


RNA tillsammans med samarbetspartner ADP - information i struktur att veckla ut och bibehålla resp. för ADP entropi i energi - hör till koncept inte ovanliga i informationsvetenskapen rent konkret i matematisk-beräkning eller vad som sker eller ses i en tillämpad vetenskap som biologi ofta väldigt enkla men desså svårare att fullt förstå till praktiskt lämnande så mycket i tillämpningen och att se möjlighet till att utnyttja det enkla.


Att direkt jämföra fenomenet och än mindre likställa det med meta-data i dataformat likt pdf är tror jag mer än vågat lite felaktigt även isomorfologiskt i form men kanske ändå förklarande något av vad det kan handla om:


Genetisk kod bär information (för kontextuell realisering i cellerna) via tidigare okänd princip

2013-12-15

Kommer publiceras i Science:



Told ye:



Även om jag (oavsett om jag alls skrev det) spekulerade eller gissade att egenskapen här om jag förståd ovan ytligt skulle vara någon annanstans än jag tror gäller här.


Confusion and diffusion. Information i form av generisk mening i motsvarande symbol givet sammanhang där sammanhang är verkligheten ej uttryckt här utan vad evolutionen söker prediktera i övergripande information som ett tillstånd i en sekvense av antaget också efterföljande (approximativt en människa relativt föregående släktingar bakåt och ev. barn o.s.v. ett tillstånd) resp. information av typ för ökad effektivitet i ett begränsat lagringsmedium permutationernas mening d.v.s. tydligare mot sammanhanget här hur en sak påverkar det andra som i cellens realisation av anlagen där den redan i sig är instansierad med ett syfte och mening från samlad genetisk information aktiverand i en utvald mindre mängd (ex. för att skapa en muskelcell och inte "hjärncell").


"Ungefär" (illustrerat av i den generella principen inte sällan tillämpbar på mycket) med SP-nätverk men här med den realiserade kartan av hur vi vänder på nätverket (alt. om vi vill se det som att vi krypterar) med nyckeln vi känner. Substitutions-komponenten här är själva alfabetet (precis som i kryptering) och har 64 symboler i den genetiska koden.


D.v.s. vi kan spekulera att informationen vi bär kan inkludera också mer av algoritmiska strukturer för att hantera en förändrad värld. Hur genuttryck ska realiseras också som funktion av det i övrigt realiserade tillståndet i cellen påverkad ex. av tillgång på mat. Jämför med diskuterat bl.a. i:



Information science är Information science medan det specifika "mäta eller titta på" något i naturen varierar mer över områden i vetenskap eller annat i vad som är specifik kunskap.

Information och Energi: Arv och organisation av våra ärvda tillstånd

2013-12-09

Flera år (två år och månader) refererade jag kanske inte felaktigt men utan insåg jag senare att det demonstrerats att omställning till svält ärvs över generationer. Det är ett ovanligt fel för mig i alla fall i områden som intresserar mig nog från början att följas mer nogra och indirekt kritiskt för bedömningen att igen följa upp det så att det kan upptäckas. Jag tog det för givet från en hel del annat känt nära detta.


Studien diskuterad i har jag inte läst än men försöker kommentera en ändå nära mitt påstående om ärvda svält-preferenser:



Beroende på nivå kan konsekvens kanske rent av i verklighet vi redan hanterar och ev. kan hantera bättre med större vetskap här knappast underskattas oavsett vad ärft påverkat av svält eller PTSD. Konflikter, övergrepp och torterande eller dödande plågor ärvs genetiskt förstärkande det kulturella och språkliga arvet (resp. direkt i handling överföring mellan generation ex. soldat generation i rekryterar barnsoldater i generation k och vidare från det framåt i tiden mer eller mindre jämföbart i övergrepp till viss andel: också om liknande samband inte är särskilt tunga eller predikterande individ till enkla slutsatser av någon dokumenterad eller vedertagen nytta ex. hanterande beteendestörningar är motsvarnade dock troligare eller en möjlig förklaring vi kan ge till mer troliga problem över population geo-associerad).


Detta är jag mindre säker på stämmer:


"Yet when the critters caught a whiff of it for the first time, they suddenly became anxious and fearful. They were even born with more cherry-blossom-detecting neurons in their noses and more brain space devoted to cherry-blossom-smelling."

Kanske blir konsekvensen detta men jag tror inte att det är detektionen som ärvs i sig eller kanske ens magnituden på den. Det kan istället vara den associerade energiomsättningen i hjärnan. Denna speglar tror jag också i sig oavsett kanske annan direkt feedback också vad som sker ute i kroppen om vi tänker oss domän av krävande flykt m.m.


Lokaliserade funktioner perception, kognition m.m. tänker jag dessutom är ganska komplicerat att klara att översätta till vad som kan ärvas enkelt. Det är ju ett självorganiserat system från början och bygger i det mesta på att vad vi lär representerar sig själv utan självklart att något annat kan förstå det. Energiomsättning ger ju dock ett förvisso väldigt enkelt och för specifika mer kunskasnära troligen saknande allt av där unika dimensioner annat än som relativa skillnader över topologi. Men just därför blir det ju enklare att tänka sig här som en möjlighet.


Det ger ju också förklaring till vad som indikerade nog för att jag skulle ta vissa saker rörande arv och svält för givet. Liksom referensen i nyheten ovan till noterat rörande påvekan av kokain (kokain påverkar ju energiomsättning ganska radikalt).


Och det viktiga övergripande systemet i hela kroppen för energiomsättning är ATP (och med nära besläktade molekyler: ADP och). Egentligen allt som sker i kroppen reduceras ner till omsättning, lokala förändringar och också påverkan utåt i nätverk mellan lokaliserad omsättning.


Och kritiska i skapande och representation DNA och RNA. En teori till förklaring hur vi går till "liv" (i en trivial mening i dom tidigaste stegen) från RNA i "evolutionen" är det kritiska i ADP. Se ex:



Och:


"For example, a controversy exists of the order in which RNA and ATP emerged. To the lay audience (and even those who are familiar with the functions of RNA and ATP), this seems like a complex area of study. But De Duve eloquently and logically states that if RNA, indeed, came first, then it would have given rise to ATP, meaning that the information stored in RNA arose before the energy that is actually required to construct RNA. The absurdity of this idea points to the notion that ATP preceded RNA."

Från: Evolution Unraveled, Katrina Brandis, Department of Biology Lake Forest College

ADP tilltalar mig att värdera ATP hög då såväl som nu. RNA kan vi väldigt förenklat se som en beskrivning av hur vi tolkar mer komplicead information i DNA såväl som beskrivande sin egen kodning. Men hade information i sig varit liv hade varje kemiskt förening varit levande såväl som varje reaktion.


En feedback i att tolka och representera energiförändring över tiden via i ett enkelt system kan snarare än endast RNA vara det kritiska.


P.s.s. resonerar vi om vår hjärna idag är tanken om en själ ytterst vanlig men ganska svår att enkelt nog för att få ett gemensamt över hjärnans noder och topologi att få till bra. Något distribuerat utan neuronernas "konvergens-sampling" behövs men samtidigt heller inte så volativt speglande allt i den såväl som i övrigt varje förändring (likt dom elektromagnetiska vågorna som rör sig). ATP kommer dock nära den distributionen och spegla inlärt, nu och förändring mellan delarna: rör sig konkret i molkyler och mängd avspeglande såväl som stimulera aktivitet. Och vi vet att ATP i sina reaktioner kan representera en "vetskap" i form av feedback. Dessutom inverkande våra över generationer skapade information när vi bygger från dem eller bygger det vi senare eller i kommande generation ska bygga ifrån. Samt är i sig representead som del av själva dessa molekyler i form av också dess byggstenar.


Tolkning av Matthew 7:7–8 har Wikipedia en diskussion om i kontext av bön. Jag kan dock se att en annan möjlig tolkning är att om man söker efter något i dom komplexa tillstånds-maskiner vår energiomsättning, RNA, DNA m.m. representerar hittar man efter ett tag existerande som etablerad i dunkel skapelse: vad som kan passera som själ såväl vad vi kan abstrahera okända parameter till ett samlat koncept ex. kallat Gudinnan (att föredra korrektare gender-politiskt kompenserande alla manliga attribut så mycket vanligare i denna domän):


"Ask, and it shall be given you;
seek, and ye shall find;
knock, and it shall be opened unto you:

For every one that asketh receiveth;
and he that seeketh findeth;
and to him that knocketh it shall be opened."

Den mystiska referensen till att knacka har spekulerar jag mindre att göra med att mota bort otur och istället en dunkel referensen den som söker i en annan dimension kan förstå som hur RNA väcklar ut informationen i DNA. Ett dolt budskap i bibeln förklarande det gudomliga i evolutionen.


Relaterat:



Och vi kan se en väg till att reducera risker tänkbart som delvis kanske har sitt ursprung i detta i koncept ex. Nelson Mandela förspråkande och som vi kan förstå som att minska antalet utfall där större än annas bias finns för också irrationellt överreagerande i konflikt-situationer som kanske annars utan kulturellt eller rent av genetiskt "PTSD" oftare ev. orsakar problem. Ett liknande exempel i den metod-gruppen har vi också i:



Komplettering

Ett för några kanske intressant område att reflektera över samspelet med energi är närminne och förstärkta anslutningar mellan neuroner representerande vetskap som reduceras inom kortare tid. Där ligger ju rent praktiskt en energiomsättning medan åtminstone vissa om inte alla reward representationer tenderar att lätt översätta till föda historiskt (om än onödigt komplicerat hellre än att se det separerat för det omantiska men den långsiktiga investeeringar i energi kvinnan säskilt gör är värd att reflektera över).


För en lättar direkt grafisk jämförelse av några feedback-aspekter av resp. ATP & Co och vårt minne har vi först följande punkt nära en balansering av energi-komponenterna equlibrium kanske vad vi vill se som ett kort ögonblick av tillståndsförändring. Jag ska dock ha viss respekt för att inte uttrycka för mycket här då den egentligen är mer komplicerat än lätt framgår att identifiera oavsett betraktat informationsvetenskap eller den kemiska delen och ska bättre fodra att jag går tillbaka i anteckningar och läser mig refresh-på området igen. Men där är det kanske just hur som helst.



Medan vad vi kan försöka jämföra med kreativt abtrakt medan vi reflekterar över mötet mellan energi och information är bilderna och text nära styckena före och efter i Scholarpedia:


Short-term synaptic plasticity

Misha Tsodyks and Si Wu (2013), Scholarpedia, 8(10):3153.
doi:10.4249/scholarpedia.3153
revision #136920

Dr. Misha Tsodyks, Weizmann Institute, Rehovot, Israel
Prof. Si Wu, State Key Lab of Cognitive Neuroscience and Learning & IDG/McGovern Institute for Brain Research, Beijing Normal University, Beijing, China

Curator and Contributors
1.00 - Si Wu

Rätt plats på uppslagssdian enligt bild nedan:


Kaliforniens sjölejon nyser

2013-07-03

En mindre sjöfågel inte helt olik våra sjöfåglar vi har enorma mängder av här i Uppsala's ankdam med flyttvägar eller friskt utbyte ner mot Asien och så är det sista steget indikerat med något mer än enstaka sjukdomsfall relaterat Sydpool-expeditionerna. En av de egentligen mer intressanta av dom verkliga tidiga med stora hand-moment för algoritmer runt användandet av Blue light nätets sista föregångare för att söka mer associativa mer oväntade förklaringar i vad som åtminstone följer kunskap ytterst väldokumenterad men komplex som djur- och växtliv och människans rörelser under den moderna historien.


H1N1 discovered in marine mammals | University of California


Den parallella rörande HIV lär vi tror jag knappast någonsin få något säkert svar om. Men denna är mer intressant eftersom den dessutom ligger så nära i association med både fladdermössen och fåglarna FOXP2 och dom tidiga åren efter att dinosaurerna föll och det lilla kvarvarande fågellivet överlevde efterverkningarna av meteoriten runt Sydpoolen medan dom tidiga däggdjuren och krokodilerna (också en av de verkligt gamla kvarvarande djuren) frossade i kadaver.


Våra svarta-vita vänner är fortfarande nere vid Sydpoolen också om deras förminskade släktingar gjort en del inbrott bl.a. i Sydafrika. Krokodilerna - kanske inte helt icke-relaterade HIV eller någon föregångare gömda i arvsanlagen från långt tillbaka - krymper både i utsträckning i Afrika och i Nordamerika ordentligt i fysisk storlek (i nästan komisk kontrast till alligatorerna).


Vår nyfikna genetiska innovation tycks dock ha lyckas bättre även om jag kan se ett åtminstone spännande art and fashion value med en kompletterande svans att t.ex. snurra som med en förr promenadkäpp. Men det kanske kommer tillbaka.